A férfiakhoz és a kosárlabdacsapathoz hasonlóan a Bayern München női csapata is arra pályázik, hogy elhódítsa a legrangosabb európai trófeát. Mindezt úgy, hogy negyedszázada még a Bundesliga 2-ben szerepelt az együttes.
A Bayern München női csapatát hivatalosan 1970. június 7-én hozták létre, miután a Német Labdarúgó Szövetség hivatalosan is feloldotta azt a tizenöt éves tilalmat, amely tiltotta, hogy női labdarúgó-mérkőzéseket rendezzenek. A Bayern Frauen hamar az NSZK legjobb csapatai közé emelkedett és Bajorországban egészen 1990-ig verhetetlennek számított. A müncheni hölgyek rögtön a második hivatalos bajnokságban, 1975-ben bajnoki döntőt vívtak, amely során bár kétszer is vezettek a Bonner SC ellen, 4-2-re elveszítettek. Egy évvel később sikerült az újbóli döntőbe jutás és a Bayern ezúttal már jobbnak bizonyult aktuális ellenfelénél, a Tennis Borussia Berlinnél (4-2). A bajorok 1979-ben és 1982-ben illetve 1985-ben is bejutottak a bajnokság fináléjába, ám az első két alkalommal a Bergisch Gladbach (2-3, 0-1 illetve három évvel később 0-6), míg '85-ben a KBC Duisburg (0-1) bizonyult jobbnak a végjátékban. Az első másfél évtizedben több meghatározó játékosa is volt a csapatnak: a kapus Lydia Köhl 1974 és 1982 között őrizte a gárda hálóját, Monika Schmidt, Karin Danner, aki amellett, hogy szinte a komplett karrierjét Münchenben teljesítette, 1995 óta a női csapat sportigazgatója, Inge Mayerhofer, és Cornelia Doll pedig egészen '85-ig voltak a klub tagjai. Két játékost külön ki kell emelni ebből az időszakból: Doris Niederlöhner 1974 és 1979 között futballozott a Bayernben, a megnyert bajnoki döntőben duplázni tudott, a középpályán és a védelemben is bevethető Sissy Raith 1984-ig erősítette a münchenieket, majd karrierje végén 1999 és 2002 között, immáron kétszeres Európa-bajnokként visszatért levezetni.
A következő időszak legnagyobb sikerének két kupadöntő jutott, ám 1988-ban a Siegen, 1990-ben pedig az FSV Frankfurt jobbnak bizonyult. Az 1990/91-es idényben a Bayern München alapítótagja volt a női Bundesligának, és bár az első szezonban negyedikként végzett, '92-ben kiesett a másodosztályba. Érdekesség, hogy a magyar női futball hőskorának egyik legjobbja, Kern Edit is megfordult a csapatnál. A következő évek azzal teltek, hogy a csapat hiába próbálta meg kiharcolni a feljutást. A Bundesligába kerülés végül 2000-ben jött össze miután a Bayernligában a csapat százszázalékos teljesítménnyel, tizennyolc meccsen 128-8-as gólkülönbséggel nyerte meg a másodvonal megnyerését. A másodosztály megnyerését a klubvezetés olyan játékosokkal próbálta meg elérni a klubvezetés, mint a fent említett Raith, a szintén kétszeres Európa-bajnok Roswitha Bindl, a szintén Bayern-nevelés Bärbel Weimar illetve minden idők egyik legjobb női futballkapusa Nadine Angerer, aki két évet töltött a csapatban. Ekkor debütált a klubnál Petra Wimbersky, aki két korszakában is megfordult a Bayernben és aki 2001-ben Európa-bajnok lett a Bayernt képviselve.
A visszakerülés utáni első szezonban a hatodik helyen zárt a müncheni csapat, amely a következő években stabilan a negyedik-ötödik helyeken zárt, egyetlen idényt leszámítva. A 2008/09-es idényben aztán a Bayern hirtelen bajnokaspiránssá vállt. A szezon során a Turbine Potsdam a Bayern és az FCR Duisburg végig kiemelkedett és az utolsó fordulóig nyíltan küzdött a bajnoki címért. A ligaelsőséget végül a Turbine szerezte meg miután ugyanúgy 54 pontot gyűjtött mint müncheni riválisa ám a bajnokok +48-as a bajorok +47-es gólkülönbséget produkáltak, vagyis egyetlen gól döntött a cím sorsáról a potsdamiak javára. A remek szezonnak köszönhetően a müncheni hölgyek a Bajnokok Ligájába is kvalifikálták magukat, ahol többek között 19-0-ra győzték le a Tbilisziből érkező Norchi Dinamoelit, de oda-vissza legyőzték a magyar bajnok Viktória Szombathelyt is (5-0, 4-2). Az Európai álmokat végül a Montpellier foszlatta szét a nyolcaddöntőben, egy hosszabbításban eldőlő párharcban. A következő két bajnoki idényekben nem sikerült felállni a bajnoki dobogóra és úgy tűnt a csapat fejlődése némileg megtört. A csapat irányítását 2010-ben vette át Thomas Wöhrle és az ambiciózus fiatal vezetőedző (28 éves volt eddig) egészen 2019-ig ült a Bayern kispadján. A 2011/12-es idényben aztán mutatkozott némi reménysugár, miután a müncheniek nemcsak a kupadöntőig verekedték magukat, de ott Sarah Hagen és Ivana Rudelic góljával 2-0-ra legyőzték a szezon során BL-döntőt játszó Frankfurtot. A következő két évben a Bayern megszilárdította helyét a Wolfsburg-Potsdam-Frankfurt trió mögött, de a negyedik helynél nem tudott előrébb lépni. A német női válogatott 2009-ben és 2013-ban is megnyerte az Európa-bajnokságot, előbbi siker során Melanie Behringer míg az eddigi utolsó német siker során Lena Lotzen volt kerettag a Bayernből a kontinensbajnok alakulatban.
Az igazi áttörés aztán a 2014/15-ös idényben jött el. A bajorok két győzelemmel illetve a Frankfurt és a Wolfsburg elleni döntetlennel kezdték az idényt, majd a Hoffenheimnek hármat, a Leverkusennek négyet, a Duisburgnak hatot lőve bizonyították jó formájukat. A Tubine Potsdam otthonában szintén sikerült nyerni és a csapat lendületét az sem törte meg, hogy Essenben két pontot hagyott, illetve a Frankfurt ellen kiesett a kupából. A szezon második fele szintén remekül alakult: a Frankfurtot ezúttal sikerült legyőzni, a Wolfsburg otthonából is elhozta az egyik pontot Thomas Wörle csapata majd a Potsdam Münchenben is kapitulált. Az utolsó forduló előtt már csak két csapatnak volt esélye a bajnoki cím elhódítására: a Wolfsburg 54 ponttal állt az élen, míg a Bayern 53 ponttal második volt. Amit a sors hat évvel korábban elvett, azt most visszaadta: a wolfsburgiak ugyanis nem tudták legyőzni a bronzérmes (és BL-győztes) Frankfurtot (1-1), a bajorok viszont 2-0-ra nyertek az Essen ellen és így bajnokok lettek. Ez volt az első olyan alkalom, amikor ugyanaz a csapat lett a Bundesliga bajnoka a férfiaknál és a nőknél is és a klubvezetés végül közös bajnoki ünneplést szervezett München főterére. A veretlen bajnokcsapatban főszerepet játszott a finn kapus Tinja-Riikka Korpela, aki alig kapott gólt, a gólerős védőpárosnak számító svájci Caroline Abbé és az amerikai Gina Lewandowski a csapatkapitány Melanie Behringer, a középpálya motorja Melanie Leupolz, a nyolc gólig jutó Eunice Beckmann illetve a hét találatot szerző holland támadó Vivianne Miedema.
Egy ilyen szezon után a 2015/16-os idényben csakis a címvédés lehetett a cél a müncheni hölgyeknél és az elsőséget sokkal könnyebb volt megtartani, mint megszerezni. Az első három forduló már megadta a szezon alaphangulatát: Behringerék 3-1-re győzték le a Potsdamot majd egy kölni siker után a Wolfsburg 1-0-al maradt alul Münchenben, novemberben pedig a Frankfurt legyőzése is összejött. A Bayern sorra nyerte a bajnoki meccseket és egészen a Wolfsburg elleni döntetlenig százszázalékos mérleggel vezette a tabellát. Az újabb bajnoki címet végül nem sikerült veretlenül megszerezni, mivel a Frankfurt nyert a Grünwalder Stadionban, de a tízpontos különbség a második helyezetthez képest így is mindent elárult a müncheniek teljesítményéről. A bajnokcsapat mindössze 8 gólt kapott a komplett idény során és ebben fontos szerepe volt a Korpela, Nora Holstad Berge, Gina Lewandowski és Leonie Maier nevével fémjelzett védelemnek. A Freiburgtól igazolt Sara Dabritz azonnal alapemberré vált és kilenc góllal segítette csapatát, Behringer ezúttal hétszer volt eredményes, míg a házi gólkirály Miedema 14 alkalommal köszönt be az ellenfeleknek. A sikert árnyalta, hogy a Bayern a Bajnokok Ligájában már az első párharca után kiesett, miután a holland Twente bombameglepetésre idegenben lőtt gólokkal jobbnak bizonyult. A német női válogatott 2016-ban Rióban megnyerte az olimpiát és a sikerben a Bayern-játékosok is fontos szerepet játszottak: Melanie Behringer öt góljával az olimpiai torna gólkirálya lett, Sara Däbritz háromszor talált be, köztük a Kanada elleni elődöntőben, de Melanie Leupolz, Leonie Maier és a Frankfurtból szerződtetett világbajnok Simone Laudehr is tagja volt a világ tetejére felérő keretnek.
Az ötkarikás játékokat követő szezonban a Bayern oda-vissza kikapott a Wolfsburgtól és bár az utolsó körig volt esély a harmadik Bundesliga-győzelemre, a salátástál a "farkasokhoz" került. A 2017/18-as szezon során megint a véghajráig nyitott maradt a bajnokság kérdése, ám ismét a wolfsburgiak örülhettek. A két nagy rivális a kupadöntőben szintén összecsapott, ám gól nélküli döntetlent és tizenegyespárbajt követően a Bayern alulmaradt. A bajorok a '18-19-es szezon során mindössze egy bajnoki vereséget szenvedtek, ám a wolfsburgiak így is eléjük kerültek a tabellán, az előző idényben pedig nem volt reális sansz a verhetetlen Wolfsburg megelőzésére. A csapat minden idényben szerepelt a Bajnokok Ligájában, ám 2017-ben a negyeddöntőben a PSG túl nagy falatnak számított, a következő szezonban már a legjobb 32 között kiesett a csapat a Chelsea ellenében, két szezonnal ezelőtt ugyan sikerült eljutni a legjobb négyig, de ott a Barcelona jelentette a végállomást, míg tavaly nyáron a Lyon egyetlen góllal bizonyult jobbnak a müncheni hölgyeknél.
A keret dőközben szép lassan kicserélődött: Thomas Wörle 2019-ig irányította a csapatot, helyét Jens Scheuer vette át. Hiába tért vissza a Frankfurttal BL-t nyerő Mandy Islacker és szerepelt a csapatban 2018 és 2020 között az olimpiai bajnok Kathrin Hendrich ők trófea nélkül zárták müncheni karrierjüket.
A bajnokcsapatok alapemberei közül Melanie Behringer 2019-ben visszavonult, Caroline Abbé 2017-ben visszatért Svájba, cakúgy mint a tizenegy év és több mint százhetven meccs után elköszönő Vanessa Bürki. Nora Holstad Berge és Tinja-Riikka Korpela szintén a 2016/17-es idény után hagyta el a csapatot, az Eb-győztes Lena Lotzen 2018-ban döntött a távozás mellett, Gina Lewandowski két évvel ezelőtt tért haza, Sara Dabritz pedig ugyanekkor ment el a PSG-hez, Az Arsenal a 2016-os bajnokok közül Viktoria Schnaderbecket, Vivianne Miedemát, a kapus Manuela Zinsbergert és Leonie Maiert is leigazolta. Miután Nicole Rolser visszavonult, Melanie Leupoltz pedig a Chelsea-be igazolt már csak Carina Wenninger maradt meg hírmondónak abból a csapatból.
A 2020/21-es idényben aztán a bajorok repülőrajtot vettek és óriási meglepetés lenne, hogyha idén nem Münchenbe kerülne a Bundesliga női bajnoki címe is. A bajorok tizenhét forduló után 51 ponttal, vagyis százszázalékos teljesítménnyel, imponáló 68-3-as gólkülönbséggel vezetik a tabellát. Öt fordulóval a vége előtt a Wolfsburggal szemben öt pont az előny, vagyis a két csapat május 9-i mérkőzésén akár a bajnoki cím is eldőlhet. A Bajnokok Ligájában az Ajax (összesítésben 6-1), a kazah bajnok BIIK Kazygurt (összesítésben 9-1) és a svéd FC Rosengård (összesítésben 4-0) sem jelentett gondot az elődöntőig vezető úton. A legjobb négy között a müncheniek ellenfele a Chelsea lesz, a meccseket április 25-én és május 2-án rendezik. A kupában a gárda az elődöntőig jutott, ahol azonban a Wolfsburgtól elszenvedte idei első vereségét.
A bajnoki menetelésben fontos szerepe van a tizenhét meccsen három gólt kapó Laura Benkarthnak, a védelemben meghatározó alakká váló Carina Wenningernek és a PSG-től hozott Hanna Glasnak, a Bordeaux-ból igazolt gólerős támadónak Viviane Asseyinek, Lea Schüllernek aki első müncheni idényében 11 góllal vezeti a házi góllövőlistát, a Freiburgból igazolt Klara Bühlnek aki szintén megbízhatóan termeli a gólokat, akárcsak a saját nevelésű Sydney Lohmann.
A Bayern München női csapata az utóbbi tíz évben vált igazán sikeressé és a német női futball meghatározó szereplőjévé. A gárda történetének negyedik bajnoki címe lassan borítékolható lesz, de az igazán nagy eredményt az jelentené ha ezzel a megerősített kerettel sikerülne a Bajnokok Ligájában is a döntőig menetelni.